La Nippon Gakki nasce nel 1887 come società specializzata nella costruzione di organi e pianoforti fondata da Torakusu Yamaha, dalla quale nel 1955 sono stati scorporati vari settori. La Yamaha Motor Co. Ltd, con sede a Iwata, si è quindi impegnata nella realizzazione di due ruote a motore, contando sull’esperienza maturata con la conoscenza nella lavorazione delle leghe metalliche per gli strumenti musicali.
Attualmente la Yamaha è la seconda azienda produttrice di moto al mondo, dopo la connazionale Honda.
Prima moto Yamaha è stato la 1 YA-1, una 125 cc con motore monocilindrico a due tempi. Presentata nel febbraio del 1955, la moto ha vinto la sua prima gara, la Monte Fuji Ascent Race, nel mese di luglio dello stesso anno. Yamaha si è impegnata nel campo dei due tempi fino a quando ha lanciato l'XS-1 nel 1969, una 650 cc bicilindrica a quattro tempi. Dieci anni più tardi, nel 1979, con la enduro XT 500 praticamente di serie ha vinto il primo rally Parigi-Dakar.  Oggi Yamaha produce una gamma completa di veicoli, dagli scooter con cilindrati da 50 a 500 cc, e una gamma articolata di moto da 50 a 1.900 cc, nei segmenti cruiser, sport touring, sport, dual-sport, e offroad. Il logo Yamaha è composto da tre diapason sovrapposti, per commemorare l’attività principale nel campo della musica.