Paton nasce nel 1958, dopo un famoso “patto di astensione” siglato l'anno precedente da alcune case motociclistiche italiane (Gilera, Mondial, MV Agusta, Moto Guzzi) che avevano deciso di ritirarsi dalle competizioni. La fondano due ex tecnici Mondial, Giuseppe Pattoni e Lino Tonti, rinunciando alla liquidazione in cambio di materiale e ricambi che permettono loro di costruire moto da competizione. Dalle iniziali del loro nome nasce la Paton, e il primo modello, la Paton 125 adotta un motore Mondial rivisitato con una nuova distribuzione a doppio albero. Il pilota Mike Hailwood la porta al Tourist Trophy nel 1958 concludendo al settimo posto. Dal 1959 il Pep, com'era chiamato Pattoni, prosegue senza Tonti e sviluppa un motore bicilindrico 250 nel 1962 che 2 anni dopo conquista il terzo posto nel Tourist Trophy, classifica Lightweight. La casa meneghina realizza successivamente un motore 350 e un 500  a 4 valvole per cilindro e cambio estraibile. Quest'ultimo montato sulla moto di Bergamonti sarà campione d'Italia nel 1967 davanti alla MV Agiusta di Giacomo Agostini. Negli anni 70 continuano le competizioni, i successi internazionali e lo sviluppo del motore 500, che dal 1975 viene sostituito con una variante a 2 tempi, sviluppato con cilindri a V e un unico albero motore, ma che fatica a ottenere i risultati sperati. Insieme al figlio Roberto, Patoni torna alle competizioni con la 500 C1 ma i successi arrivano solo alla fine del decennio: nel 1988 Scatola conquista il terzo posto nel campionato europeo 500. Negli anni 90 è grazie all'aiuto della squadra corse HRC Honda che Paton torna a gareggiare nel Campionato del mondo finchè nel 1997 l'organizzazione nega alla casa milanese la partecipazione ufficiale, relegandola a piccole apparizione come wildcard. Negli anni 2000 l'azienda sopravvive alla morte del suo fondatore grazie al figlio Roberto che prosegue le partecipazioni nel mondiale con telai forniti da Cagiva ma con il cambio di regolamento che ha imposto lo sviluppo di più costosi motori 4 tempi la Paton è costretta al ritiro. Nel 2013 Paton riparte con una riedizione storica della moto anni 50 che partecipò al TT, la nuova S1 destinata per la prima volta all'uso stradale.